Die Ausschüsse sind Arbeitsgremien der Repräsentantenversammlung, die gemäß der Satzung die Aufgabe haben, Vorlagen und Aufträge für eine Entscheidung (der RV) vorzubereiten. Darüber hinaus können sie eigene Themen erarbeiten und zur Beschlussfassung der RV vorlegen.

Die Ausschüsse haben zwar ausschließlich empfehlenden Charakter, sie können aber auch dazu beitragen, die Arbeit der Gemeinde zu verbessern. So ging beispielsweise im Jahre 2007 vom Schulausschuss die Initiative aus, die Essensausgabe in der Jüdischen Oberschule auf Büffet-Betrieb umzustellen. Diese Initiative wurde im Sommer 2008 erfolgreich umgesetzt.

Folgende Ausschüsse werden satzungsgemäß von der Repräsentantenversammlung gewählt. Jeder Ausschuss wird in seiner Arbeit vom zuständigen Dezernenten unterstützt:

• Der Haupt-, Rechts- und Personalausschuss (Dezernent: Mark Jaffé) prüft die Regelungen, die angesichts der Situation der Jüdischen Gemeinde überarbeitet werden müssen, so die beispielsweise die Versorgungsordnungen der Mitarbeiter.
• Der Finanz- und Steuerausschuss (Dezernent: Dr. Jochen Palenker) eruiert die Möglichkeiten, die Einnahmesituation der Jüdischen Gemeinde zu verbessern und die Ausgaben zu verringern.
• Der Kultusausschuss (Dezernent: Grigorij Kristal) hat der Repräsentantenversammlung eine neue Friedhofsordnung zur Annahme empfohlen und einen Weg gefunden, der dem Gedenken der Menschen aller Nationen, die gegen die Nazis gekämpft haben, gerecht wird.
• Der Integrationsausschuss (Dezernentin: Margarita Bardich) hat ein Integrationskonzept verabschiedet.
• Der Sozial- und Fürsorgeausschuss (Dezernentin: Lala Süsskind) musste sich den bestehenden Anfangsschwierigkeiten im Hermann-Strauß-Pflegeheim stellen.
• Der Kulturausschuss (Dezernent: Aharon Risto Tähtinen) begleitet aktuell die Vorbereitung der Jüdischen Kulturtage 2009 und der strukturellen Neuorganisation der Jüdischen Volkshochschule.  
• Der Jugend- und Erziehungsausschuss (Dezernentin: Mirjam Marcus) sieht sich vor der Aufgabe gestellt, das Jugendzentrum zu neuem Leben zu erwecken.
• Der Schulausschuss (Dezernentin: Mirjam Marcus) versucht, die Arbeit in der Kita, der Heinz-Galinski-Schule und der Jüdischen Oberschule zu verbessern. Vor allem muss ein Ende der Raumnot in der Jüdischen Oberschule herbeigeführt werden.

Die Ausschussmitglieder werden jeweils zum Beginn der Amtsperiode von den Repräsentanten gewählt.

Zurzeit besteht jeder Ausschuss aus acht ordentlichen und drei stellvertretenden Ausschussmitgliedern.